差额征税的印花税开票方法如下：进入开票系统打开开票系统，点击“发票管理”中的“发票填开管理”。选择“专用发票填开”，并在征税方式中选择“差额征税”。录入票面信息录入货物或应税劳务名称后，系统会显示差额设置的界面。在差额设置框内，录入含税销售额和扣除额，然后点击“确定”。系统计算与打印确认票面信息无误