单位扣公积金通常遵循以下步骤：

确定缴存比例

用人单位与职工需按照当地公积金管理部门的规定缴纳住房公积金，通常比例为职工工资的5%至20%。

计算扣款金额

单位根据职工工资和缴存比例计算出单位及职工各自应缴纳的金额。

工资发放时扣除

在发放工资时，单位从职工工资中扣除相应的公积金金额。

汇缴公积金

单位将扣除的公积金金额与单位应缴纳的公积金金额汇总，通过银行转账等方式缴纳至公积金管理中心。

记录公积金账户

公积金管理中心收到款项后，将职工的个人公积金账户进行记账操作，以便职工查询余额和缴纳情况。

办理缴存手续

单位需在每月发放工资之日起5日内，到当地住房公积金管理部办理缴存手续，并将款项汇缴至管理部在受委托银行开立的住房公积金专户。

遵守法规

缴存比例和最低标准需符合《住房公积金管理条例》等相关法规的规定。

网上汇缴（如有条件）：

单位可通过公积金管理中心的网上系统进行汇缴操作。

请注意，具体的操作流程可能因地区而异，建议参照当地公积金管理中心的具体规定。