食堂亏损的原因主要有以下几点：

饭菜价格偏低：

食堂饭菜的价格普遍低于成本价，导致每售出一荤一素的菜品至少要亏1元以上。

成本增加：

为了提高服务质量，满足职工的饮食习惯，食堂增加了早餐的小菜品种、例汤的汤料和辣椒的供应，这些措施导致成本每天增加约25元。

就餐人数变动：

食堂在应对就餐人数变动时，应急处理不及时，导致损耗增加。例如，十一休假期间职工就餐人数大幅度减少，食堂没有及时减少原材料和成品，造成不合理的浪费。

管理松散：

食堂管理没有严格按照制度执行，管理松懈，员工懈怠，工作效率降低。

浪费现象：

由于管理不善和应急处理不及时，食堂在原材料和成品的使用上存在较大的浪费现象。

综上所述，食堂亏损的主要原因在于饭菜价格低于成本价、成本增加以及管理上的不足和浪费现象。建议食堂管理部门采取措施提高饭菜价格，优化成本控制，加强管理，减少浪费，以改善经营状况。