如果您发现代扣的个人所得税金额超出了应缴金额，您可以采取以下步骤来处理这个问题：

与公司协商

首先，您应该与公司沟通，了解为什么会有额外的扣税，并要求公司解释扣税的理由和依据的规章制度。

如果公司有合理的解释并且相关规章制度已经公示，您可能需要接受这一扣税。

如果公司没有合理的解释，您可以要求公司全额支付多扣的工资及相应的利息损失。

向劳动监察大队投诉

如果与公司协商无果，您可以向当地的劳动监察大队投诉，请求他们介入调查并协助解决问题。

申请劳动仲裁

如果劳动监察大队的处理结果仍不能令您满意，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。

法院强制执行

如果劳动仲裁裁决生效后公司拒绝执行，您可以申请法院强制执行。

向税务部门申请退税

您还可以直接向税务部门申请退税。通常需要提交相关的申报表、工资单和纳税凭证。

您可以在税务局的网络APP上查询年度和每月的收入金额和已申报税额，并在“综合所得汇算申报”中进行退税申报。

会计处理

如果多扣的税款是由于会计处理错误造成的，您可以直接调整工资表，并在结转成本时按照新的工资表金额进行结转。

如果无法调整当期工资表，您需要做相应的会计处理，将多扣的税款转出或保留余额，等待下个月处理。

请根据您的具体情况选择合适的解决步骤。