针对楼顶种菜的问题，可以采取以下步骤和部门进行投诉或寻求帮助：

小区物业

首先应该向小区物业反映情况，由物业管理人员进行上门劝导和清除。物业公司有责任管理小区公共区域，包括楼顶空间。

社区部门

如果物业未能有效处理，可以向所在社区部门投诉，请求他们介入并采取相应措施。

房管建设部门

可以向当地的房管建设部门投诉，这些部门负责监管房屋和小区的整体管理。

城管部门

如果物业和社区部门均未能解决问题，可以向辖区城管部门举报。城管部门有权强制要求拆除违规种植。

业主委员会

可以向业主委员会反映情况，请求他们支持并采取相应措施，例如发布禁止在顶楼种菜的规定。

法律法规咨询

了解当地的法律法规，查看是否有关于在住宅楼顶种植的限制或规定，并咨询专业律师，了解自己的权利和义务。

通过以上步骤，可以逐步解决楼顶种菜的问题。建议先与物业沟通，若无效再向社区和相关部门投诉，确保合法合规地维护自己的权益。